I Bonseki sono da considerarsi dei giardini Zen a tutti gli effetti. L’unica differenza sta nelle loro dimensioni ridotte (da una superficie minima di 30 cm quadrati ad una massima di 200×150) che li rendono dei “giardini da tavolo”. Sono utilizzati sia come elemento d’arredo che come angolo di meditazione e riflessione. Questi giardini Zen in miniatura sono di facile manutenzione. La loro ghiaia è molto fine e richiede una frequente pettinatura.In essi devono essere rispettati tutti i canoni tradizionali, quali il posizionamento delle pietre, la rappresentazione delle onde sulla sabbia e, opzionalmente, i fiumi di roccia. La loro struttura portante, simile ad una cornice, è in legno di colore, preferibilmente, nero. La sabbia deve essere quella adatta, di colore bianco o grigio chiarissimo. E’ d’uso allestire il Bonseki sulla falsa riga dei giardini famosi, al fine di ricreare nella propria abitazione le ambientazioni e le emozioni suscitate dalle opere dei grandi artisti giapponesi. Il Bonseki deve essere posizionato preferibilmente al centro di una stanza oppure sul lato ovest della stessa. Il giardino in miniatura deve essere illuminato dalla luce del sole durante il giorno. Nelle ore notturne va illuminato con una lanterna in carta di riso o in bambù.